Después de un año estudiando filosofía y literatura en la Universidad Autónoma de Santo Domingo, se cambió al Conservatorio Nacional de Música donde terminó sus estudios de licenciatura.

Después de terminar sus estudios en el conservatorio de Santo Domingo, Guerra fue al Berklee College of Music en Boston para estudiar composición y arreglos.

Tras su regreso a la República Dominicana, publicó su primer álbum, Soplando (1984) con un grupo de músicos locales que posteriormente se conoció como Juan Luis Guerra y 440. La parte del nombre de la banda que dice 440 se refiere a la afinación estándar “A=440”.

Su siguiente álbum, en 1989, les dio fama internacional. Ojalá que Llueva Café se convirtió en un éxito número uno en muchos países de América Latina. Posteriormente, se filmó un video de la exitosa canción y Juan Luis Guerra y su banda 4-40 comenzaron a hacer giras.

En 1990, lanzaron su siguiente álbum, Bachata Rosa, que también se convirtió en un gran éxito, vendiendo más de 5 millones de copias en ese momento, y permitiendo que Guerra siguiera haciendo giras por América Latina, EE.UU. y Europa. Este álbum contiene memorables canciones de amor como “Burbujas de amor” y “Estrellitas y Duendes”.

Uno de sus álbumes, Ni es lo Mismo ni es Igual (1998), fue muy aclamado por la crítica. Ganó tres Grammy Latinos en 2000.

En 2004, Guerra lanzó su primer nuevo álbum en seis años. Titulado “Para Ti”, las canciones del álbum son en su mayoría de naturaleza religiosa, reflejando la conversión de Guerra al cristianismo evangélico. Con este álbum el cantante ganó dos premios en los Billboards de 2005 en las categorías de Gospel-Pop y Tropical-Merengue. Al mismo tiempo, Guerra fue honrado con el Premio Especial Latino de la Academia de Música de España por sus contribuciones a la música de su país y del Caribe en los últimos 20 años.